《儒林外史》刚完稿，即在作者亲友中流传。从程晋芳《怀人诗》所谓“吾为斯人悲，竟以稗说传”来看，这部刻画工妍、描摩儒林的《外史》，不但已在当时文人圈子中广为流布，而且还被诩为传世之作，为作者赢得了极大声誉。可惜作者生前并没见到自己这部巨著的刊刻，甚至直到乾隆三十五年(1770)、三十六年(1771)之间程晋芳作《文木先生传》时，也还只是说“人争传写之”，可见直到此时《儒林外史》仍在传抄之间，并无刻本传世。
《儒林外史》最早的刊本，据金和《儒林外史跋》(刊于同治八年苏州群玉斋版《儒林外史》卷末)称，当是“全椒金棕亭先生官扬州府学教授时梓以行世”的，金棕亭任该职止于乾隆四十四年(1779)，此刻本当在此之前面世。金兆燕(棕亭)既是吴敬梓的表兄兼连襟金榘的儿子，又是吴敬梓的儿子吴烺的亲家。除了亲上加亲的亲情外，兆燕与敬梓的友谊亦极深，敬梓赴扬州，即与兆燕昕夕相从，尽日欢聚；敬梓去世，又是兆燕为之料理后事。所以，金兆燕于敬梓去世之后，想方设法将敬梓苦心撰制的传世之作刊刻行世，并于自己任扬州府学教授数年后了此心愿，这也是极自然而且确实可能的事。只可惜这一刻本至今未见，所以亦有学人怀疑是否真有扬州府学刻本存在。
目今可以见及的《儒林外史》最早刻本是嘉庆八年(1803)的卧闲草堂本，此刻本卷首有署名闲斋老人的序，篇中有未署名的回评五十则。卧闲草堂这个书铺的主人及闲斋老人为谁何，回评评者又为谁何，至今尚未能考知。但从五十则回评的用词和语气来看，回评作者极可能与扬州有关。而金和在《儒林外史跋》中亦称“是书为全椒金棕亭先生官扬州府学教授时梓以行世，自后扬州书肆，刻本非一”，此卧闲草堂本则极可能是金和所称的“扬州书肆”刻本之一。
卧闲草堂所刊《儒林外史》为五十六回本，而金和《儒林外史跋》却言之凿凿地认为原本当为“五十五卷”，是后人妄增“幽榜”而成五十六卷。但这却查无实据，因为连金和本人也不知“何时何人妄增‘幽榜’一卷”。据《光绪全椒县志》卷九载，金和曾出藏本与邑人薛时雨(即金和跋文中所称之薛慰农观察)集资笺注而刊行《儒林外史》，虽然此刊本今亦不可得见，但金和所藏本也不会是五十五卷，否则他在跋文中会明确提出自己有版本依据证明《儒林外史》不应该是五十六回的。
更有力的佐证是，现存的苏州潘氏抄本，也是五十六回。有一点必须解释清楚，我们现在称此抄本为苏州潘氏抄本，并不表示此书就一定是潘世恩祖孙亲自抄写或雇人所抄，因为潘世恩生活于1769至1854年之间，而于1779年他能抄《儒林外史》这部大书之前已有扬州府学刻本传世，1803年又有卧闲草堂评本问世，且此时“刻本非一”，如嘉庆二十一年(1816)的艺古堂本及清江浦注礼阁本等。在这种情况下，潘世恩并没有必要请人抄写这部长达四十余万字的稗官小说，除非他所抄的版本与当时通行的《儒林外史》有很大的不同。但现在看来，此抄本与现存卧本文字基本一致。因此，我认为最大的可能是此抄本为很早以前别人所抄(说不定是“人争传写之”那个时候的产物)，后来流传到苏州潘氏家族。由于此抄本早而珍贵，所以潘氏才格外珍惜，世代相藏相传，这才保留至今。
另外，潘祖荫在抄本封面上的题签是“文恭公阅本儒林外史”，亦足以说明潘世恩与此抄本的关系，仅是“阅本”而不是潘氏所抄。
自卧闲草堂本而后，各种刻本(增补齐省堂本即六十回本除外)的《儒林外史》文字与卧本大致相同，故而有学者认为卧本即为《儒林外史》祖本或原刻本，其实这也难以令人信服。因为如果卧本从原刻本而来，而扬州书肆其余刻本也是从此原刻本而来，那它们的复刻本也就可能文字与卧本相一致，何以见得以后各刻本就一定是从卧本而来呢?金和跋文中称“发逆乱后，扬州诸板散佚无存”，时至今日，连刻于嘉庆八年(1803)的卧闲草堂本也仅幸存三部(分藏北图、复旦和英国伦敦博物院)，所以原本存在的其余诸刻现在荡然无存也是可能的。
金和跋文作于同治八年(1869)冬十月，载有此跋的为苏州群玉斋本，这是现存的较早的《儒林外史》刻本之一。据金和宣称，“发逆乱后，扬州诸板散佚无存，吴中诸君子将复命手民，甚盛意也”。从此而后，《儒林外史》的刊刻中心即由扬州转向“吴中”一带。
距苏州群玉斋刻本问世时仅五年，《儒林外史》即新出两种版本，足见此时该书之受欢迎。同时，学者文人也掀起一股研究《儒林外史》的热潮，张文虎、惺园退士、黄小田、徐允临、华约渔、东武惜红生等人纷纷评点、校刊《儒林外史》，这不仅是由于《儒林外史》的文学价值受到人们普遍的重视，同时也因为晚清社会问题叠出，民风浇薄，文人普遍难寻出路，而《儒林外史》一书则以谴责弊病、描摩世情、刻划君子、振兴世教见长，以贤人力挽狂澜，虽理想破灭，但却为此时代提供了极好的借鉴。晚清谴责小说之所以着意追随《儒林外史》，当亦与此有关。
正由于此，《儒林外史》在晚清不停地被翻刻。同治十三年(1874)九月上海申报馆出了排印本，同年十月又有齐省堂增订本问世。其中齐省堂本受到了更多的重视，从惺园退士序和例言来看，此版本当以卧闲草堂本为底本，而且在保留原本回末总评外，还增添了自己写的十九回回评和为数甚多的眉批。同时，齐本对卧本的“罅漏”也“代为修饰一二”，“并将冗泛字句，稍加删润”(《齐省堂增订儒林外史例言》)，因此该书“顿成新观”(《序》)，流传极为广泛。
上海申报馆排印本由于错误较多，因而在时隔七年之后再次排印。这次排印本在改正以往诸本颇多错误的基础上，复又以夹批和回评的形式加入天目山樵的众多评语，成为当时相对较为完善的《儒林外史》刊本。天目山樵(张文虎)自幼颖异，且于书无所不览，学识极为淹博，因而他对《儒林外史》的批评，就不但深刻而且精到，更何况自同治十二年(1873)至光绪十年(1884)这十余年间，他不停地反复研读、评点《儒林外史》，在光绪三年(1877)时就“予评是书四脱稿矣”(光绪乙酉宝文阁刊本《儒林外史评》丁丑嘉平小寒天目山樵识语)。与以往卧评、齐评不同的是，天目山樵除了对作品本身进行一般性评论外，还有意识地对作者、作品进行学术上的研究，因而其评语多有前人所未及而能发人深省给人启迪者。宝文阁曾单独抽出其评语刊印《儒林外史评》，杨葆光认为“不读张先生评，是欲探河源而未造于巴颜喀喇”，王承基誉之曰：“得读张先生评，方之《汉书》下酒，快意多矣。”(见从好斋辑校本《儒林外史》徐允临跋)凡此，均可见天目山樵评本在当时的地位和价值。
继申报馆天目山樵评本之后，值得重视的是刊有徐允临作于光绪十年(1884)甲申冬十月的跋的从好斋辑校本，据徐跋可知，此版本以苏州群玉斋本为底本，“继复假得扬州原刻覆勘一过”。但这“扬州原刻”到底是不是指“扬州府学刻本”，却令人很难作出判断。因为徐允临不仅认真读过金和的《儒林外史跋》，而且会晤过金和之子，想来他该知道所谓“扬州原刻”应指金棕亭官扬州府学教授时所刻本，但前此却无一人明确表示拥有或见过原刻本，徐允临在跋中亦称“特此书原刻不易觏”，那他是否真能“假得扬州原刻”，则让人颇为怀疑。尽管如此，在没有确实弄清真正扬州原刻的面目之前，此辑校本自有其独到的价值。
另一刻本，即上海鸿宝斋增补齐省堂本在《儒林外史》版本史上亦有独到的价值。此版本以同治十三年(1874)齐省堂增订本为底本，却增加了四回的内容而成六十回本。这四回是从齐本第四十三回中间，借万府盐船被抢，朝奉返回扬州插入，到四十七回上半回借万雪斋欲从军助饷接回贵州汤镇台故事的，多出四回的回目为“沈琼枝救父居侧室，宋为富种子乞仙丹”、“满月麟儿扶正室，春风燕子贺华堂”、“假风骚万家开广厦，真血食两父显灵魂”、“吃官司盐商破产，欺苗民边镇兴师”，主要描写沈琼枝入宋府后的系列故事，鲁迅先生称之为“事既不伦，语复猥陋”(《中国小说史略》)，堪称的评，但如果从《儒林外史》的版本流变上看，这却是一种不能不提的刊本。
当然，《儒林外史》还有很多刊本，如嘉庆二十一年(1816)的艺古堂本与清江浦注礼阁本与卧闲草堂本完全相同；天目山樵评语中称曾见过常熟刊本，“提纲及下场语幽榜均有改窜”(宝文阁《儒林外史评》金和跋后天目山樵识语)；上海商务印书馆曾多次重新排印申报馆第二次排印本；至于翻刻增补齐省堂六十回本的则更多。“五四”新文化运动前后，陈独秀、钱玄同等人高倡“国语的文学”，即以《儒林外史》作为标准国语的范本加以推荐，由汪原放加以新式标点，陈独秀、钱玄同分别为之作叙，胡适先后将自己的最新考证结果《吴敬梓传》和《吴敬梓年谱》作为附录，此版本以艺古堂本为主要底本，由上海亚东图书馆出版。这部整理本很快风靡一时，两年内印行三版，至四九年以前已印行十六版。
一九四九年以后，《儒林外史》的排印本更多，人民文学出版社先后于五八年、七七年两次出版了校注本，上海古籍出版社于八四年出版了会校会评本，江苏古籍出版社则于八九年出版了《新批儒林外史》，至九三年已印行五次，九三年天津百花文艺出版社还推出了详注本《儒林外史》，这部书中的详注与《新批》中的评点一样为当代读者更好地理解《儒林外史》提供了极大的便利。当然，整理、校注《儒林外史》的还有很多，如中州古籍出版社也将于九四年出版新的校注本，限于篇幅，这里就不一一介绍了。
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